Sistem APG II (II sistem Grupe za filogeniju angiospermi) klasifikscije biljaka bila je druga, sada zastarjela, verzija moderne, uglavnom molekulski zasnovane, biljne taksonomije, koju je u aprilu 2003. godine objavila Grupa za filogeniju angiospermi.[1] Bila je to revizija prvog APG sistema, objavljenog 1998. godine, a supstituirana je 2009. dodatnom revizijom, APG III sistema.